Hrvatski muzej medicine i farmacije osnovan je s ciljem prikupljanja, čuvanja, stručne obrade i prezentiranja hrvatske medicinske i farmaceutske baštine. Inicijalni fundus Muzeja čini Zbirka za povijest medicine i farmacije Odsjeka za povijest medicinskih znanosti.
Temeljni zadatci Muzeja su prikupljanje, zaštita, stručna obrada i prezentiranje hrvatske medicinske i farmaceutske baštine. Specifični ciljevi muzejske djelatnosti su promoviranje razumijevanja ljudskog tijela, bolesti i liječenja kroz povijest, povećanje razine obaviještenosti javnosti o medicini i farmaciji, dokumentiranje i prezentiranje značajnih događaja, osoba, ustanova te etičkih, znanstvenih, tehničkih, političkih, pravnih, ekonomskih, socijalnih, psiholoških, pedagoških i drugih aspekata medicine u hrvatskom društvu, kao i stvaranje poticajnog okruženja i nadahnuća za buduće liječnike, ljekarnike i znanstvenike.
