U arhivu Odsjeka za etnologiju, uz Zbirku korespondencije i Zbirku fotografija, pohranjeno je više od 650 rukopisnih zbirki koje su pretežno nastajale od 19. stoljeća do danas. Nekoliko najstarijih zbirki datirano je koncem 18. stoljeća. Riječ je o iznimno vrijednoj etnološkoj i folklorističkoj građi koja je s obzirom na sadržaj te vrijeme i kontekst nastanka razvrstana u trima različitim kolekcijama: Stara zbirka (SZ), Nova zbirka (NZ) i Zbirka Matice hrvatske (MH).
Od 2002. do 2010. godine cjelokupno je arhivsko gradivo zaštićeno i dokumentacijski obrađeno u sklopu projekta ''Etnološka i folkloristička građa HAZU: zaštita/obrada i kritičko objavljivanje'' (v. Zbornik za narodni život i običaje sv. 55 iz 2010.).
U tekućem razdoblju, pod voditeljstvom akademika Ivana Cifrića, djelatnici Odsjeka za etnologiju (Klementina Batina i Jakša Primorac) nastavljaju opsežan projekt kritičkog obrađivanja i objavljivanja arhivskog gradiva Odsjeka u suradnji s brojnim institucijama i pojedincima (Matica hrvatska, Institut za etnologiju i folkloristiku, Centar za komparativnohistorijske i interkulturne studije Filozofskog fakulteta u Zagrebu, Franjevačka provincija Bosna Srebrena i dr.). Gradivo se prvenstveno objavljuje u Akademijinu Zborniku za narodni život i običaje i seriji Hrvatske narodne pjesme: Rukopisna baština Matice hrvatske. Kontinuirano objavljivanje arhivskog gradiva u Akademijinu digitalnom repozitoriju planira se u skladu s mogućnostima.
